Гражданским кодексом РФ предусмотрен общий срок исковой давности. Он составляет три года (ст. 196 ГК РФ). Для целей взыскания пени этот срок не применяется (п. 3 ст. 2 ГК РФ). Так, в письме Минфина России от 11.02.2010 № 03-02-07/1-57 сказано, что согласно п. 3 ст. 2 Гражданского кодекса Российской Федерации к имущественным отношениям, основанным на административном или ином властном подчинении одной стороны другой, в том числе к налоговым отношениям, гражданское законодательство не применяется, если иное не предусмотрено законодательством. Законодательством о налогах и сборах не предусмотрено распространение установленного ст. 196 Гражданского кодекса Российской Федерации общего срока исковой давности в три года в отношении выявления налоговым органом недоимки. В Налоговом кодексе РФ предусмотрены самостоятельные сроки взыскания пеней (п. 2 ст. 45, ст. ст. 46, 47 НК РФ). Т.е пени платить придется, или через суд признавать эти суммы безнадежными к взысканию.

Взыкание пени, не возможно в отрыве от суммы самого налога. Если налог вы не оплачивали и вышел срок на обращение в суд (6 мес.) и уж если вышел общий срок исковой давности(3 года), взыскать с вас пеню по этому налогу не возможно, она так и будет висеть в базе налоговой. Списать сумму неуплаченного налога и пени по нему можно только по решению суда.